С 1 мая 2008 года прекратили существование все региональные, а также две профильных таможни. Такая реорганизация структуры Государственной таможенной службы происходит согласно приказу от 13 апреля 2008 года.
Таким образом, прекращают деятельность Западная, Северная, Восточная, Крымская и Центральная региональные таможни, а также Магистральная и Приморская таможни.
В то же время, с 1 мая начали функционировать Донецкий, Львовский, Крымский, Одесский, Харьковский и Киевский областные подразделения ГТС. Эти подразделения станут кураторами внешнеторговых операций в областных и районных центрах, а к сфере контроля Одесского подразделения будут также отнесены Одесский и �?льичевский морские торговые порты, порт Южный и аэропорт города Одесса.

Все областные подразделения ГТС будут напрямую подчиняться центральному аппарату Государственной таможенной службы. Таким образом, по мнению авторов приказа, будет ликвидировано промежуточное звено координации действий - им были региональные таможни, которым подчинялись областные таможни.

Региональные таможни были созданы в ходе реформирования структуры ГТС, проводившегося в марте-мае 2007 года тогдашним руководителем Государственной таможенной службы Александром Егоровым.